A mahamudra és a Dzogcsen az Alap, Út és Gyümölcs értelmezésében ím azonos. A tantra a detong jeséről beszél, azaz a kettő - gyönyör és üresség - egységéről, míg a Dzogcsen Nem-kettős kezdetektől fogva. A szutrában az intelligencia értette meg az ürességet (sztong-nyid rtogsz-pa'i sesz-rab). A Dzogcsenben Egyedüli Lényegiségünk (thig-le njag-j gcsig) található. Tehát ezen utak célja más és más.
Manapság sok láma mondja azt, hogy „Phjag-csen rdzog-csen dbu-ma csen-po gcsig-pa red", vagyis, hogy a mahamudra, Dzogcsen és madhjamaka azonos. Ez az állítás hasznos lehet a nem-szektássági népszerűsítéséhez, de filozófiailag nem igaz. A mahamudrát - habár az összes tantrikus iskolában megtalálható - különösen a kagyüpákkal hozzák kapcsoltba, a Dzogcsent a nyingmapákkal és bönpókkal. A gelugpák a madhjamakát mondják szemléletüknek. Már rámutattunk, hogy a madhjamaka szemlélete világosan különbözik a Dzogcsenétől, és most megnézzük, hogyan különbözik a mahamudra nézete a Dzogcsenétől, Látnunk kell, hogy az Alap (szemlélet), az Út (meditáció) és a Gyümölcs (eredmény) szempontjából nem azonosak.
A madhjamaka szerint a vízió útján - mely a harmadik az öt egymása követő út közül -, az első bumin - mely ide tartozik, míg a következő! kilenc bumi vagy fázis a negyedik úthoz -, megvalósítjuk az üresség és tisztaság egységét (zung-'zsug). A Dzogcsenben viszont az Üresség él Tisztaság kezdetektől Elválaszthatatlan (dbjer-med). Ezért a buddhaság! elérése a Tudat Természetének felismerésétől függ. A szutra rendszerhez! tartozó madhjamaka szerint, három mérhetetlen kalpába kerül a buddhasági elérése, ha a tantra szerint gyakorlunk, elérjük a megvilágosodást legalább hét élet alatt. Az a különbség, hogy a tantra és a mahamudra a kjerim és dzogrim módszerekkel egyesíti a gyönyört és ürességei, míg Í\ madhjamaka csak a sunyátát ismeri. A Dzogcsenben azonban nincs szükség semmilyen előkészítő vizualizációs folyamatra, hanem azonnal felismerjük magát a Természetes Állapotot. Nem kell semmit tennünk Tehát, ha megvan a képességünk, a Dzogcsen gyakorlásával egyetlen élet alatt megvalósíthatjuk a buddhaságot. A különböző szemléletek és különböző utak különböző célokhoz vezetnek. Csak így logikus. Tehát, a buddhaság (Gyümölcs) nem azonos a madhjamaka és mahamudra szerint, és mindkettő különbözik a Dzogcsen megvalósításától. Az ellenérv szerint, ha New Yorkba akarunk menni, mehetünk repülőgéppel, hajóval, busszal, autóval, biciklivel vagy gyalog, és minden esetben eljuthatunk New Yorkba. Tehát a különböző utak ugyanahhoz a célhoz vezethetnek. De itt az Alap azonos: az ember el akar jutni New Yorkba, csupán az utazás módja különböző.
Tehát, ha felismerjük a Természetes Állapotunkat, nincs mire tovább várni. A szutra rendszerében a tudatunkat ellenszerekkel tisztítjuk. A lantra rendszerében vizualizációkat használunk a víziónk átalakítására és létrehozzuk a sunyátá és bodhicsilta egységét. Ez az átalakítás útja, ami nem ellenszereket használ. A Dzogcsen az ön-felszabadulás útja. Láthatjuk, hogy minden rendszernek megvan a maga különálló Alapja, Úja és Célja.
A szutra rendszerben a Viszonylagos Igazságot a paramiták, az Abszolút Igazságot a sunyátá jelenti. A madhjamakához és a szutra rendszerhez hasonlóan, a Dzogcsen Thögál gyakorlása az összes dolog illuzórikus természetére tanít. Meg kell értenünk, hogy az összes megnyilvánulás tudat alkotta illúzió, de mikor a Természetes Állapotban Vagyunk, nem teszünk ilyen ítélkezéseket, nem gondolkodunk így, „Ez csak illúzió!". A trikáját egyszerre érjük el, nem egymás után. A madhjamaka szerint, a Két Igazság nélkül, nem érhetjük el a buddhaságot. A szutra rendszerben megtaláljuk ezt a két eszmét: először, hogy az ürességet ismerő tudás a dharmakája oka, másodszor, hogy a paramiták halmozásának gyakorlata a rupakája oka. A szutra gyakorlása ugyanakkor nagyon hosszú időt igényel az eredmény megvalósításáig. Itt csak a sunyátát gyakorolják, az istenségek látható formáját nem vizualizálják. A tantrában az üresség tapasztalására kezdetektől fogva ráépítjük az istenségek vizualizációját. Ezért ez a módszer sokkal gyorsabb. A szutra a dharmakája okával rendelkezik, főleg a sunyátát gyakorolja, nem ismeri azonban a rupakája valódi okát. A tantra gyakorolja a sunyátát, vizualizálja az istenségeket is, ami a rupakája megnyilvánulásának okául szolgál, és ez a módszer sokkal gyorsabban működik.
Ha a Dzogcsent nézzük, azt látjuk, hogy a rupakája létrejöttének nincs Oka. Itt nincs vizualizációs gyakorlat. Nem kell semmit tenni, hogy a rupakájának oka legyen. Kérdezhetjük akkor, ha a Dzogcsen nem ismeri el a Két Igazságot, hogyan vezethet a buddhasághoz? A Dzogcsenb azonban ott van a Természetes Állapot, mely egyáltalán nem azonos a madhjamaka sunyátájával, annak üressége ugyanis a belső létezés hiánya jelenti, üres, passzív és negatív állapot. A Dzogcsen szerint viszont az összes látható dolog spontán létezik (lhun-grub) a Természetes Állapot benne-rejlő energiájának (rang rtszal) megnyilvánulásaként. Például, ha ránézünk egy mustármagra, nem látjuk benne az olajat, de mikor összenyomjuk a magot, kipréselődik belőle az olaj. Tehát az olaj spontán létezik a magban, de a mag préselésének másodlagos oka szükséges az olaj megnyilvánulásához. Ha a buddhaság nem létezne már spontán a Természetes Állapotban, mindegy, hogy milyen gyakorlatot végeznénk és milyen hosszan, semmi sem jönne fel belőle. A tíz paramita lehetőségi is már teljesen jelen van a Természetes Állapotban. A Dzogcsen birtokolja a buddhaság összes okát, mivel már minden spontán létezik a Természetes Állapotban. Ezért csupán ezt az Egy Igazságot kell gyakorolnunk, nem kettőt.
A Dzogcsen szerint a tantra nem éri el a teljes buddhaságot, mivel az egyik útról a másikra fordul. Nem megy egyszerre a két úton. A tantrikus istenségek mindegyik formája, a sitró vagy békés és haragos istenségeim benne vannak a Természetes Állapotban. A dzsonangpák szerint a Természetes Állapotban lehetőségként megvannak ezek az istenségformák, minden érző lény potenciális Buddha, de a megvalósítása ez a buddhaság nem látható. Tehát, minden a Természetes Állapotból jön föl, de eme lehetőség megjelenéséhez másodlagos okok kellenek. A Thögál gyakorlás megteremti a másodlagos okokat a potencialitás megnyilvánulása érdekében, de ezek csak másodlagosak, a vízióit forrásának valódi oka a Természetes Állapot.
A Dzogcsenben a gyakorlás módja a Természetes Állapotban tartózkodás, minden más spontán jelenik meg, míg a szutra rendszerben a két halmozást egyformán kell gyakorolni. De hogyan járhatunk egy időben két utat? Mellőznünk kell az egyiket, mialatt a másikat járjuk. Az összes Buddha, az összes erényes minőségük és az összes cselekedetük már benne van a Természetes Állapotban. A Természetes Állapot egyetlen, a szamszára és nirvána minden megnyilvánulásának alapja. Ezért Künsinek, minden alapjának nevezzük. A mi jelenlegi Természetes Állapotunk csupán a szamszára alapja, és nem cselekszünk úgy, mintha a nirvána alapja is lenne. Számunkra jelenleg csak a káprázat ('khrul-gzhi), és nem a megszabadulás alapja (grol-gzhi). A megvilágosodás állapotában azonban a Természetes Állapot a nirvána alapja, tehát a megszabadulásé. Egyénenként ez a helyzet, de mikor általában beszélünk, mindkettő alapja. Ez mélységes (zab) tanítás, mivel egyéni és sajátos értelemben tanít. Mind a tíz paramita és Buddha összes erénye már spontán benne van a Természetes Állapotban. Olyan, mintha már minden bent lenne a templomban, de az ajtók csukva lennének. Ki kell nyitnunk az ajtókat - a másodlagos okokkal és a gyakorlással - és a tartalom láthatóvá Válik. Minden itt volt kezdetektől fogva, de a hozzáférés a Természetes Állapot minőségeinek ismeretétől függ. Ne elemezzünk, és ne keressünk Krimit, mialatt a Természetes Állapotban vagyunk, csupán hagyjuk úgy, ahogy van. Ez az Egy Igazság elegendő, nincs szükségünk Két Igazságra.
A tizenkilencedik és huszadik században, Kelet-Tibetben, Dzsámjáng Khjence Vángpó és a „Nagy" Dzsámgön Kongtrul rimé (iskolák feletti) mozgalmára nagy hatással volt a Dzogcsen szemlélete, ez volt mozgalmuk alapja. Ezért sok Kelet-Tibetből származó láma, különösen a kagyüpák, úgy magyarázzák a mahamudrát, mintha Dzogcsen lenne. Folyton azt Ismételgetik, hogy „rDzogsz-csen phjag-csen gcsig-pa red!", azaz a Dzogcsen és a mahamudra azonos. Általában ők Gampópa mahamudrájáról beszélnek, melyet Szakja Pandita és más tudósok is oly keményen megkritizáltak. A mahamudra hagyományos magyarázata a tantra rendszere szerint, nagyon különbözik a Dzogcsentől. Ezt a hagyományos indiai mahamudra magyarázatot megtalálhatjuk például a szakjapák lam 'brasz rendszerében és Virupa doháiban. Ezek módszerének magyarázatában benne van a dzinpá azaz a megragadás. A Természetes Állapotban az alany és tárgy egyáltalán nincs külön, de itt a mahamudrában megvan ez az elválasztottság. A tantrában szintén van alanyi és tárgyi oldal. Mikor néhány láma azt mondja, hogy a Dzogcsen es a mahamudra azonos, ez nem lehel igaz, mert a Dzogcsenben nincs dzinpa, míg a dzogrimben megvan a dzinpa, vagyis a detong jese ismerete. Így ha a szemlélet különböző, akkor az út is különböző lesz, és ennél megfelelően a gyümölcs is. Néhány láma szerint a szutrában és a tantrábai a tárgy, azaz a sunyátá azonos, míg az alany különböző. A szutrában ím alany a közönséges tudat, míg a tantrában a thiglékben vagy energiai cseppekben (bindu) lévő tiszta tudat. Mindkét esetben ott van a dzinpl vagy megragadás, míg a Dzogcsen Természetes Állapotában nincs ott a] alany és tárgy kettőssége, azaz sosem volt jelen a dzinpa. Tehát itt  szutra, tantra és Dzogcsen szemléletében néhány alapvető különbségfii találunk, melyekre oda kell figyelni.
A bönpó hagyományban is van apatantra (pha rgyud) sorozat, melyei az öt Legmagasabb Isteni Erőnek neveznek, vagyis szekhar csog-nga (gszasz mkhar mcshog Inga), és anyatanra (ma gyü). Tehát a Dzogcsen és a tantra gyakorlása nem zárja ki egymást.