A madhjamaka csak a sunyátát ismeri el Végső Igazságként. A madhjamaka és a csittamátra felismeri a Két Igazságot, habár a Két Igazság jelentéséről megértésük különböző. A madhjamaka szerint Minden a Két Igazsággal kapcsolatos, mivel az alanynak és tárgynak nincs benne-rejlő léte, csak gondolatok által alkotott „nevei". Semmi
nem létezik azonban függetlenül. A madhjamaka azt állítja, hogy minden tapasztalásunk benne van a Két Igazságban, és nincs semmi ezen túl. A
prlugpák azt állítják, hogy a sunyátá Praszangika-madhjamaka szemlélete - melyet Csandrakirti a Madhjamakavatarában (dBu-ma la 'zsug-pa) fejtett ki - a legmagasabb lehetséges szemlélet, és nem létezik ennél magasabb nézet, hiszen Dzse Congkhapa maga is ezt állította. Ezért a végső, mindenek fölött álló szemlélet a sunyátá. Hogyan tudna a Dzogcsen ennél jobbat nyújtani? A madhjamaka gelugpa követői kritizálják a
Dzogcsent, állítva, hogy tagadja a Két Igazságot. Más tibeti iskolákhoz tartozó madhjamaka követők - akik a szutrák és sásztrák követői - állítják, hogy a Dzogcsen nem is valódi buddhizmus. Hogy állhatna a Dzogcsen a madhjamaka fölött? Mi ez a Dzogcsen, mely azt állítja, hogy a
legmagasabb igazság?
A nyingmapák és a bönpók szerint a Dzogcsen túllép a madhjamaka szemléletén. A „legmagasabb" a megértésünktől függ, és csak akkor a  „legmagasabb igazság", ha alaposan megértjük szemlélete valódi Jelentését, egyébként jelentés nélküli puszta szó. A tanítás a megértésünk következtében lesz a legmagasabb. A madhjamaka rendszer szerint sunyátá azt jelenti, hogy minden jelenség üres (sztong-pa) és semminek sincs benne-rejlő léte (rang-bzhin med-pa), másképp a változás lehetetlen lenne. De ez nem a Dzogcsen végső szemlélete, mivel itt az előbbit nem tekintik teljes szemléletnek. Csak a kép felét adja. A madhjamaka beszél! a dolgok Üresség oldaláról (sztong-csa), de nem beszél a Tisztaság (gszal-csa) avagy Tudatosság oldaláról (rig-csa).
A madhjamaka szerint a két forrás a Két Igazság, amihez két u kapcsolódik, a bölcsesség és az érdem halmozása, és két eredménye Vár a dharmakája és a rupakája.
A Dzogcsen nem ismeri el két forrásként ezt a Két Igazságot, csa' egyetlen forrást és Egy Igazságot fogad el, ez a Thigle Nyágcsik (thig-le njag-gcsig), az Egyedüli Lényegiség. Itt csak egy Alap van, ezért nincs Kél Igazság. Congkapa nagymester Csandrakirti Madhjamakavatara (dBu-ma la 'zsug-pa) kommentárjában, a Lám-rim csen-mo-ban megkritizálja a Dzogcsent, amiért nincs benne a Két Igazság. A Dzogcsen úgy tartja, hogy a végső szemléletnek csak egyetlen természete van. Ha a Két Igazságot fogadjuk el, ezek ismeretéhez kétféle tudattal kellene rendelkeznünk. Ezért beszélt Congkhapa egy sunyátát ismerő intelligenciáról (sztong-nyid rtogsz-pa'i sesz-rab), és egy másik, a neveket felismerő intelligenciáról. Mindkettőt intelligenciának (sesz-rab) nevezik, de kétfélék, mert az egyik a Viszonylagos a másik az Abszolút Igazsággal kapcsolatos. A Dzogcsenben viszont csak egyetlen Egyedüli Lényegiség van, és nem két tudat. A Dzogcsen szerint csak akkor valósítjuk meg a trikáját, ha az Elválaszthatatlanságot gyakoroljuk.
A madhjamaka szemlélete szerint a sunyátá teljes tudatosságában maradhatunk a kontempláció vagy egyensúly állapotának (mnjan-bzhag) eszközével, de mikor ebben az állapotban vagyunk, nem foglalkozunk semmilyen gondolattal, nagylelkűséggel, vagy más tökéletességgel és erénnyel. Ezért a bölcsesség és érdem halmozását váltakozva,^ külön-külön kell gyakorolnunk. A Dzogcsen szemlélet Természetes Állapot nem csupán Üresség, hanem Spontán Megnyilvánulás (lhun-grub) is. H csak az ürességet (sztong-csa) gyakoroljunk, nem valósíthatjuk meg teljes buddhaságot.
A madhjamaka, csittamátra és a lantra mind elismeri a Két Igaságot. A madhjamaka föl is teszi a kérdést, hogyan lehet a buddhaságo megvalósítani, ha alapként nincs Két Igazság, hiszen másképpen nem gyakorolható a két halmozás. Szükség van ezekre az okokra a dharmakája és rupakája létrejöttéhez. Ezen okok nélkül nem valósíthatjuk meg a buddhaságot. A Dzogcsen egyetért abban, hogy okokként szereplő hozzájáruló tényezők nélkül nem érhetjük el a buddhaságot. Ha van egy nagydarab aranyunk, nem kell a minőségeit kutatnunk, mert azok már benne vannak. A Természetes Állapot gyakorlásával spontán megvalósítjuk a dharmakáját és rupákáját, mivel buddha összes erénye benne van a Természetes Állapotban. Mikor a másodlagos tényezők megjelennek, ezen erények spontán megnyilvánulnak. Ebben rejlik a valódi ellentmondás a madhjamaka és Dzogcsen között. Ugyanakkor a Dzogcsenben szintén kellenek másodlagos tényezők a trikája látható megnyilvánulásához. A trikója ott lappang a Természetes Állapotban, de láthatatlan, nem olyan, mint a szobor, amit a nyitott templomajtón keresztül megpillanthatunk. Ez hasonló a dzsonangpa szemlélethez.
A madhjamaka szerint az érző lények buddhatermészete (táthágátágárbhá) az indirekt jelentés (és ezért időleges), míg a sunyátá a Valódi, végső jelentés. Longcsenpa nyingmapa mester szerint - ahogy a Chig-don mdzod művében mondja -, maga Sákjamuni Buddha is tanította II Dzogcsent a Pradzsnaparamita Szutrákban. Ez a helyesen értelmezett belső buddhatermészet vagy táthágátágárbhá, valójában a Dzogcsenben kifejlett Természetes Állapot. Tehát Longcsenpa itt a Dzogcsent Pradzsnaparamitaként értelmezi. Ha felfedeztük a valódi természetet, a Természetes Állapotot, nem kell semmi egyéb után kutatnunk.
Ha azt mondjuk, hogy a Dzogcsen nem ismeri el a Két Igazságot, mondhatjuk-e azt is, hogy nem ismeri el a tíz paramitát? Így, hogyan beszélhetünk egyáltalán gyakorlásról a Dzogcsenben? Ha nem gyakorlunk, hogyan halmozhatjuk a bölcsességet és érdemet? Hogyan érhetjük el a buddhaságot? A Dzogcsen azonban nem mondja, hogy nem kell a tíz paramitát gyakorolnunk. Egyszerűen azt mondja, hogy a Természetes Állapotban spontán benne van a tíz paramita, és nem kell őket egyenként, külön-külön gyakorolni. A Buddhák összes erénye már spontán benne van a Természetes Állapotban, tehát a Dzogcsenben csak ezt az egyedüli Természetes Állapotot kell gyakorolni, ez elegendő.
Mikor a közönséges szutra gyakorló, nincs az elmélkedés állapotában mnjam-bzhag), szilárd és anyagi víziója van a világról. Ebben az állapotban, kalandozó gondolatokkal az együttérzést gyakorolja, és motivációját fejleszti. A szutra rendszer szerint az együttérzést a többi gondolat segítségével kell művelni és fejleszteni. De ez a gyakorlás csupán előkészítő, távol áll a Dzogcsen gyakorlatától. Az együttérző gondolat nem Buddha valódi együttérzése. Ha elértük a Természetes Állapotot és megértettük a Dzogcsen szemléletét, nincs szükségünk külön az együttérzést fejlesztő gyakorlatra, melyben tudatunkkal együttérzést próbálunk létrehozni minden lény iránt. Miért? Mert, mikor a Természetes Állapotban tartózkodunk, a minden érző lény iránti együttérzés spontán és erőfeszítés nélkül megjelenik, nem kell a tudatnak mesterségesen létrehoznia. Itt volt teljes tökéletességében a Természetes Állapotban kezdetektől fogva.
Néha a Dzogcsen szövegek azt is mondják, hogy még meditációt sem kell gyakorolni. Miért? Tíz Tökéletesség, avagy paramita létezik, melyek közül a nagylelkűség (szbjin-pa, szkt. dana) az első, de mindegyikük már kezdetektől benne van a Természetes Állapotban, és a tökéletességük vagy beteljesítésük is benne van. Tehát, nem kell nagylelkűséget vagy a többi tökéletességet a gondolatok művelésével mesterségesen gyakorolni. Ha a Természetes Állapotot gyakoroljuk, a nagylelkűség már benne van, és spontán feljön. Így a nagylelkűséget természetesen és önkéntelenül gyakoroljuk, nem kell először meditálnunk és azt gondolnunk, hogy másokhoz nagylelkűek vagyunk. Ez érvényes az erkölcs (tsul-khrimsz, szkt. sila) és a többi Tökéletességre is, beleértve a meditációt is. A meditációval elérhető összes erény és erő, már mind teljesen benne van a Természetes Állapotban. Ezért, nem kell a tökéletességeket semmilyen sajátos módon gyakorolni, külön-külön, leválasztva a Természetes Állapottól.
A madhjamaka szerint a sunyátát csak a gondolkodással lehet megismerni. Ha valaminek hiányzik a belső léte, az a sunyátá állapotában van, és ezt csak gondolkodással lehet fölismerni. Gondolatok nélkül egyáltalán semmi sem ismerhető meg. Minden tudás a gondolkodással szerezhető meg. Nincs más mód a sunyátá megértésére. Ez a fő különbség a madhjamaka és a Dzogcsen közt. Az első azt állítja, hogy gondolatra van szükség a sunyátá megismeréséhez. A Dzogcsen szerint azonban a Természetes Állapot kezdetektől fogva túl van a gondolatokon, és tudattal nem ragadható meg. A Dzogcsenben, ha meg akarunk ragadni ('dzin-pa) vagy fel akarunk fogni valamit, az tudati tevékenységnek számít, nem a Természetes Állapotban való lét. Ezzel a módszerrel sosem leszünk képesek elérni a Természetes Állapotot. A gondolatok mindig szétboncolják, és részekre szedik a tárgyakat, egyébként nem tudnánk őket megragadni. A valóságot csupán részeihez hasonlíthatjuk. Az intellektussal a külső tárgynak, csak részleges elemzését végezhetjük, miként a kék virágot megvizsgáltuk, hogy megértsük ürességét. Ez az „üresség" azonban, csak gondolatokkal létrehozott, intellektuális megértés. A Dzogcsen az üresség megértéshez nem a gondolatokat használja, mert azok mindig részlegesek és egyoldalúak, sosem ölelik át az egészet.
A nagy tudós Szakja Pandita kifogásokat emelt a Dzogcsen ellen híres könyvében, a szDom gszum rab dbje-ben, azt állítva, hogy kínai tanítás (rgja nag gi csősz), mert csak a „gondolatnélküliség" (mi rtog-pa) állapotát tanítja, mint a kínai buddhizmus. Megkritizálta Gampópa láma követőit, a kagyüpákat is, mondván, hogy ők csak gyakorolnak, de sosem tanulnak, és ezért nem is tudnak semmit. Ha csak vakon gyakorolnak, gondolatok és pszichológiai tanulmányok nélkül, állatoknak születnek újjá. Szakja Pandita különösen kritikus volt Gampópa mahamudra magyarázatával szemben, azt állítva, hogy részben a Dzogcsenen alapul. A Dzogcsen rendszerben azonban a cél nem a gondolatnélküliség. A gondolatnélküli állapot pusztán tapasztalás (nyamsz), nem a Rigpa, azaz a Természetes Állapot. A Dzogcsen az ok-okozatot meghaladó állapotról beszél. A Természetes Állapot a tudatot meghaladó lét. Nem számít, hogy a Természetes Állapotban feljönnek-e a gondolatok vagy sem, mivel természetére nincsenek hatással. A Természetes Állapot olyan, mint a tükör, a gondolatok olyanok, mint a tükröződések a tükörben. Ezek a tükröződések a tükör természetét nem módosítják, nem változtatják meg, ezért azt mondjuk, hogy a Természetes Állapot Eredendően Tiszta (ka¬ttog)-
A madhjamaka és a Dzogcsen itt ellentmond egymásnak. A madhjamaka rendszerben mindig a klésák vagy szenvedélyek ellenszereit keressük. A Dzogcsen megkérdezi, hogyan tehetjük ezt? A szenvedély vagy negatív érzelem csupán gondolat, és az ellenszere egy másik gondolat. Ez olyan, mint kezünkről a vért vérrel mosni le. A gondolatok nem semmisítik meg a gondolatokat, ha azokat követjük, sosincs végük. A gondolatokkal sosem találjuk meg a Végső Igazságot, mivel) elkerülhetetlenül még több gondolathoz vezetnek. Ez a természetük. A| Végső Igazságot csak a gondolatok forrásánál találjuk meg.
Tehát nem tudjuk a gondolatokat megtisztítani és megsemmisíteni úgy, hogy ellenszerként még több gondolatot használunk. Az egész egy körfolyamat. Ez nem a Dzogcsen módszere. A Dzogcsen szerint megfelelőbb, ha a Természetes Állapotban maradunk, ameddig csak tudunk. A gondolatokat nem tudjuk gondolatokkal megsemmisíteni, nem tűnnek el, csupán tovább burjánzanak, de ha magukra hagyjuk, a Természetes Állapotba olvadnak. Az Ön-megszabadulás a végső tisztítás, mivel nem hagy maga után nyomot, és a gondolatok nem szülnek újabb gondolatokat. Ha a Természetes Állapotban létünk nem stabil, könnyen elszórakoztatnak a feljövő új gondolatok.
A madhjamakával ellentétben, a Dzogcsen nem ismeri el a Két Igazságot, mint a tudatosság forrásait. A Dzogcsen valódi szemlélete az Elválaszthatatlanság, részrehajlás nélkül az egyik vagy a másik irányba. A Tudatosság és Üresség Elválaszthatatlan (rig sztong dbjer-med), ezért csak Egy Igazság van, és ez meghaladja a Két Igazság szemléletét. Ez azonban nem jelenti azt, hogy a Két Igazság nem a Buddhák tanítása volt, csak azt, hogy a Dzogcsen meghaladja a szutra Két Igazság értelmezését.
A madhjamaka rendszer szerint Két Igazság van, a sunyátá intellektuális értelmezését is beleértve, melyek nélkül nem valósítható meg a buddhaság. Erre a Dzogcsen azt válaszolja, hogy nem kell mást tennünk, csak a Természetes Állapotban tartózkodnunk, ami a Thigle Nyágcsik (thig-le nyag-gcsig), melyben a buddhaság összes minősége és ereje kezdetektől fogva benne van. Ez elegendő. Ezért a Dzogcsen azt tartja, hogy saját nézete a legmagasabb.